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두 라이브러리는 객체에 대한 확장을 지원한다.
a라는 이름의 객체가 있다고 하면 (new를 사용하건 JSON이건간에) 다음과 같이 a객체를 확장한다.

prototypejs의 경우
prototype이란 이름에 걸맞게 Object에 extend를 구현하여 apply 함수를 통해 확장을 지원한다.
Object.extend(a, 확장객체);

jQuery의 경우
$ 셀렉터에 선언된 extend 함수를 통해 확장을 지원한다.
$.extend(a, 확장객체);

확장 객체는 원하는 대로 사용하면 된다.
//일반 객체의 경우
function B() {
	this.bValue = "값";
	this.bMethod = function() {
		return "메소드결과";
	};
}
//위 생성자 함수에 대한 생성객체인
new B();

//임시 함수의 경우
new function() {
	this.bValue = "값";
	this.bMethod = function() {
		return "메소드결과";
	};
}

//JSON의 경우
{이름:값;이름:값;}

객체를 확장한다는 점은 어떤 라이브러리를 써도 동일하다.
다만 구현 중심의 prototypejs보단 셀렉터 기반의 대상 중심의 jQuery가 확실히 수월하게 사용할 수 있어서 좋은 것 같다.
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